Zoals geweten, was Mgr. Bonny, alvorens bisschop van Antwerpen te worden benoemd, verschillende jaren werkzaam in de Pauselijke Raad voor de Eenheid van de Christenen te Rome. Het is dus vanuit deze grote ervaring met de oecumene dat hij de hedendaagse geschiedenis van de Kerk heeft benaderd.
Tot heel kort voor het Concilie was er in de katholieke Kerk weinig aandacht voor de oecumene. Het waren vooral protestantse gemeenschappen die zich met deze problematiek meer concreet bezig hielden, zeker sinds de Eerste Wereldoorlog. In katholieke kringen engageerden er zich slechts een paar mensen voor de oecumene vanaf de tweede helft van de twintigste eeuw, onder wie de Nederlandse bisschop Johannes Willebrands.
Het was paus Johannes XXIII die de oecumenische kwestie centraal stelde in het Concilie. Mgr. Bonny vertelde op een boeiende manier hoe het Concilie werd voorbereid, hoe voor het eerst niet-katholieke waarnemers werden uitgenodigd, hoe de paus hun een vooraanstaande plaats wilde geven, en hoe zij onrechtstreeks maar wel degelijk mee hun stempel konden drukken in het opstellen van de verschillende conciliedocumenten.
Vanuit die ervaring werden in de Romeinse curie eerst een secretariaat en dan een pauselijke raad opgericht om de eenheid van de christenen te bevorderen. De verzoening onder de christenen kreeg vervolgens een heel bijzonder belang tijdens het pontificaat van Paulus VI, Johannes Paulus II en Benedictus XVI. Het is immers de specifieke rol van de opvolger van Petrus om de eenheid onder de christenen te bevorderen en desgevallend te herstellen. Dit beseffen ook vele niet-katholieken. Zo vertelde Mgr. Bonny hoe velen onder hen zeer ontroerd een audiëntie bij paus Johannes Paulus II verlieten, omdat zij ergens beseften dat zij de opvolger van Petrus hadden ontmoet.
Mgr. Bonny schetste een aantal kenmerken van de oecumenische beweging van vandaag. Na een veelbelovende start in de jaren onmiddellijk na het Concilie, kan men nu de indruk hebben dat er niet veel meer beweegt. Dit is eigenlijk een aanwijzing dat de oecumenische dialoog op kruissnelheid is geraakt: als een vliegtuig opstijgt, neemt het hoge snelheid, maar om tot zijn bestemming te geraken, moet het uren aan een stuk op grote hoogte aan een constante snelheid vliegen.
Daarbij zijn er factoren die men niet volledig in de hand heeft, zoals wijzigende politieke omstandigheden, bijvoorbeeld ten tijde van de val van het IJzeren gordijn in 1989. De oecumene heeft te kampen met dezelfde moeilijkheden die men ook aantreft in de Europese eenmaking of binnen de gezinnen: misverstanden, persoonlijke conflicten of externe omstandigheden die de discussie bemoeilijken. Daarom is het zo belangrijk veel met elkaar om te gaan, elkaar alsmaar beter te leren kennen en te appreciëren.
In het vraaggesprek dat op de eigenlijke conferentie volgde, greep Mgr. Bonny de kans toelichting te geven bij het probleem van het primaatschap van de paus, dat hét grote knelpunt vormt in de discussies met de orthodoxe Kerken. Hij kreeg ook de gelegenheid om commentaar te geven bij zijn recent verschenen visietekst voor het bisdom Antwerpen.
Hij nodigde de aanwezigen uit om te bidden voor de eenheid. Het gebed is hét grote middel van de oecumene, steunend op het feit dat Jezus zelf uitdrukkelijk voor de eenheid bad, tijdens het Laatste Avondmaal: “dat allen één zouden zijn…”.
Nadien bleef Mgr. Bonny lange tijd napraten met verschillende mensen uit het publiek. Zij waren blij hem te kunnen groeten en te mogen ervaren hoe hij voor ieder persoonlijk attent is. Een klein meisje dat met haar moeder was meegekomen, bood hem de tekening aan die zij tijdens de conferentie voor hem had gemaakt. Voor hij afscheid nam, bleef de bisschop nog een momentje bidden in de kapel en gaf hij de zegen aan wie daar aanwezig waren.